Da un punto di vista metodologico, l'approfondimento di problematiche legate all'omologazione nella descrizione del record archeologico ha confermato la necessità di adottare un linguaggio formalizzato.
L'uso di un linguaggio di marcatura ha consentito inoltre di stabilire a posteriori, anziché a priori, liste terminologiche, di delimitarne l'uso in contesti ben specifici, di costruire collegamenti ipertestuali e di integrare e interrogare il testo originario. La scelta di diffondere le informazioni in Internet ha comportato successivamente la conversione dei documenti SGML in XML, un linguaggio di marcatura di più recente sviluppo che deriva dallo stesso SGML. Una versione XML della DTD è già stata realizzata: essa mantiene la stessa struttura gerarchica della DTD SGML e ha richiesto solo qualche piccola modifica al fine di normalizzare le dichiarazioni degli elementi secondo la sintassi XML.
Come in tutti i sistemi informatici, la fase di interrogazione delle informazioni ha costituito un momento essenziale della ricerca. Nell'ambito del Progetto Caere è stata messa a punto una procedura di Information Retrieval, che interroga il file XML e visualizza i risultati attraverso un browser. In questo modo, si è affrontata la questione delle potenzialità dei sistemi multimediali, non solo per gli aspetti tecnologici ma anche per il raggiungimento di un alto livello di interoperabilità tra fonti di dati e sistemi informativi eterogenei, al fine di ampliare il dialogo fra studiosi, che si svolge in genere attraverso le più tradizionali pubblicazioni scientifiche. Questo approccio - basato sul convincimento che l'informazione materiale è insufficiente se non è accompagnata da un'evoluzione intellettuale verso nuove forme di presentazione delle conoscenze, più favorevoli alla consultazione interattiva che alla lettura passiva - ha consentito di ricreare in ambiente digitale le diverse fasi di "lettura" del terreno non solo da un punto di vista della documentazione ma anche dell'interpretazione dei dati.
Il sistema di codifica, così come è stato definito e per le sue caratteristiche generali, può essere oggi utilizzato per l'archiviazione, la gestione e l'interrogazione di dati testuali riferibili alle operazioni di scavo, all'analisi dei materiali e della documentazione grafica e iconografica, alle informazioni bibliografiche. Infatti, lo sviluppo del prototipo ha dato vita a un modello di informatizzazione dei dati di scavo agile e multiforme e quindi facilmente esportabile anche in situazioni diverse rispetto a quella della Vigna Parrocchiale. Ciò è stato ad esempio confermato dall'analisi informatizzata di altri complessi monumentali pertinenti all'area urbana, scavati in epoca precedente e già pubblicati.