L'obiettivo dell'integrazione è stato raggiunto attraverso fasi progressive, che hanno registrato l'iniziale implementazione di una banca dati relazionale e la sua successiva evoluzione verso un sistema multimediale. Una piattaforma GIS, capace di archiviare e gestire in modo integrato e all'interno di un unico ambiente informazioni di natura diversa, è alla base del sistema messo a punto. La tecnologia GIS è risultata fondamentale per lo sviluppo del Progetto, in quanto ha consentito di ampliare i processi analitici tradizionali attraverso l'integrazione di dati geografici e alfanumerici, fornendo in tal modo un punto di riferimento in cui collegare diverse tipologie di dati.

Per quanto attiene alla documentazione testuale, la necessità di ricorrere a un linguaggio formalizzato ha condotto, fin dal 1995, alla scelta dell' SGML (Standard Generalized Markup Language) - e più tardi dell'XML - come il metodo più idoneo per codificare in forma ipertestuale i diari redatti nel corso delle campagne di scavo. La procedura di codifica SGML è indipendente dall'hardware e dal software utilizzati e perciò garantisce la trasportabilità dei dati anche verso sistemi diversi; inoltre, l'uso di formati di scambio aperti e la struttura modulare del GIS hanno consentito di ottenere un'interoperabilità fra piattaforme diverse. Ciò è stato facilitato anche dalla scelta di software facilmente reperibili e ampiamente utilizzati - ad esempio AutoCAD® (Autodesk), ArcView® (ESRI) e Access® (Microsoft) - per l'elaborazione di dati sia geografici sia alfanumerici, che ha consentito di attuare, secondo gli scopi iniziali, un sistema informativo integrato. Inoltre, l'adozione di un GIS on-line, attraverso l'uso del software MapGuide® (Autodesk), ha consentito di incrementare il livello di integrazione e ha creato il paradigma per un tipo di ricerca basato su Internet.

In sintesi, il Progetto Caere ha affrontato alcune tematiche fondamentali dell'informatica archeologica:

- La descrizione formalizzata dei dati e delle relazioni tra essi intercorrenti, mediante   un modello dinamico di una realtà complessa, in contrapposizione a un procedimento   statico di archiviazione e interrogazione della documentazione.
- La realizzazione di un sistema informativo integrato, che contiene non solo la   descrizione dei dati primari ma anche la struttura interpretativa, mediante la   rappresentazione del linguaggio scientifico utilizzato dagli archeologi nel corso del   lavoro sul campo.
- L'omologazione nella descrizione del record archeologico, mediante l'uso di linguaggi   formalizzati che consentono di stabilire - non a priori bensì a posteriori - liste   terminologiche utilizzate in contesti ben definiti.
- La rappresentazione della relazione fra i dati empirici e le teorie, cioè tra   osservazione e interpretazione, attraverso una molteplicità di modelli, che concorrono   alla ricostruzione dei contenuti e dei metodi di acquisizione del sapere scientifico.